Bujanovac kao administrativni centar opštine se nalazi na nadmorskoj visini od oko 400m. Najviši planinski vrh su „Virovi“ na planini „Kozjak“ sa 1.284 metara nadmorske visine. Bujanovac leži u kotlini koja je okružena pobrđima. Planinski vrhovi su: Kitka (1.295m), Kozjak (1.285m), Sveti Ilija (1.271m), Rujan (968m). Oko 30% teritorije je ravničarsko, a oko 70% je brdsko-planinsko područje.

Rečni tokovi Bujanovca su Moravica, Južna Morava, Pčinja, Trnovačka reka, Krševačka i Breznička. Planira se regulacija Južne Morave u dužini 2.300 m, Trnovačke reke u dužini od oko 1.700 m i regulacija Krajmirovske reke u dužini od oko 500 m.

Opština Bujanovac je bogata izvorima mineralnih i termalnih voda, koje pripadaju bikarbonatnom, natrijumskom tipu i veoma su kvalitetna kao lekovita banjska voda. Pored hemijskih, značajna su i geotermička svojstva ovih voda (temperatura od 43oC). Poseban značaj ima termomineralna voda Bujanovačke Banje – Rakovački izvor. Ovakvim svojim karakteristikama termalne vode Bujanovca stiču karakter važnog turističkog motiva za razvoj banjskog turizma.